Um den weiteren Artenrückgang zu bekämpfen, wurde international, auf europäischer, deutscher und bayerischer Ebene ein differenziertes Schutzsystem eingeführt. Verboten sind danach - je nach Schutzstatus - grundsätzlich vor allem der Zugriff (Entnahme, Beschädigung, Zerstörung, Nachstellen, Fangen, Verletzen, Töten) auf Tiere und Pflanzen sowie ihre Lebensstätten/Standorte in freier Natur, der Besitz, die Ein- und Ausfuhr und die Vermarktung. Auch bestimmte Störungen von Tieren sind verboten.

Daneben können weitere Verpflichtungen hinzukommen (z. B. Kennzeichnungspflicht, Meldepflicht, Haltungsanzeige). Bei Vorliegen bestimmter Voraussetzungen sind die verbotenen Handlungen jedoch ausnahmsweise zulässig.

Ein- und Ausfuhrgenehmigungen erteilt das Bundesamt für Naturschutz. Im Übrigen sind die Regierungen als höhere Naturschutzbehörde oder Kreisverwaltungsbehörden als untere Naturschutzbehörden (Landratsamt oder kreisfreie Stadt) im Bereich des Artenschutzes zuständig. Während die Kreisverwaltungsbehörde z. B. Bescheinigungen für den Handel mit EU-rechtlich geschützten Arten ausstellt oder Haltungsanzeigen entgegennimmt, erteilen grundsätzlich die Regierungen Ausnahmen von den Zugriffsverboten; für Biber und Hornissen sind hier jedoch die Kreisverwaltungsbehörden zuständig.